Situato in posizione panoramica sulla strada che collega Vacciago ad Ameno, il Santuario sorse sui resti di una piccola chiesa che nel XVI secolo fu edificata in ricordo di una apparizione della Vergine.
L'attuale edificio, iniziato nel 1754 e terminato nel 1834-43, presenta una struttura tipicamente neoclassica: l'interno è a pianta quadriloba con coro e grandioso altare maggiore in marmo bianco, su cui si può ammirare l'antica immagine della Madonna. La pareti e la volta del santuario sono finemente decorate da splendidi affreschi di Agostino Comerio (XIX secolo). Riferiti all'Antico Testamento, a Maria Vergine e alla nascita di Cristo, gli affreschi hanno prevalentemente forma ovale.
Una curiosità: nei registri del Santuario sono raccolti i vari "miracoli", di cui si è avuta testimonianza, avvenuti nei secoli e attributi alla Madonna della Bocciola.
